Una colonia isolata è una colonia batterica che è stata isolata da altri contaminanti, di solito collocando un campione in una capsula di Petri sterile o vetrino con sostanze nutritive. Questo processo assicura che qualsiasi osservazione o esperimento sia libero da contaminanti biologici esterni. Questa colonia è spesso definita una "cultura pura".
Poiché la cultura più pura deriva da una singola cellula, i biologi possono fare di tutto per creare colonie isolate. La prima cultura è considerata contaminata. È disperso attraverso il mezzo nutritivo, spesso semplicemente strisciando attraverso la diapositiva o il piatto. Se fatto correttamente, questo assicura che le cellule in divisione creino piccole colonie isolate che possono essere spostate su un'altra diapositiva come pura cultura. Un altro metodo per creare colture pure implica la dissoluzione di campioni di batteri in acqua e quindi l'uso di un microscopio per localizzare una goccia con un singolo batterio isolato. Questo batterio viene quindi lasciato cadere in una soluzione acquosa di nutrienti per creare la colonia.
Una volta che una colonia isolata è stata sviluppata, può essere utilizzata per diversi scopi. Nei laboratori medici, le colonie isolate vengono spesso utilizzate per identificare e diagnosticare malattie, esaminare le qualità di un campione di cellule cancerose o determinare quali antibiotici sono più efficaci nella lotta contro il batterio. I laboratori di genetica usano questi campioni per sperimentare il DNA ricombinante o per cercare geni specifici.