Il fiume Missouri inizia vicino a Three Forks, nel Montana, e corre fino a fondersi con il fiume Mississippi vicino a St. Louis, nel Missouri. Il fiume Missouri si estende per oltre 237 miglia.
Le acque del fiume Missouri provengono da dove convergono i fiumi Jefferson, Madison e Gallatin. Il fiume era molto incline alle inondazioni quando la zona iniziò a essere colonizzata dai coloni europei. Queste alluvioni erano una parte fondamentale dell'ecosistema nell'area. Oggi il fiume è sequestrato da 15 dighe lungo la sua strada principale, e le dighe hanno alterato le inondazioni e il percorso del fiume. L'area indicata come la valle del Missouri è ora molto popolosa e non si riversa come in passato, ma queste azioni hanno avuto un effetto sulla qualità dell'acqua e hanno causato un pesante tributo a pesci e fauna selvatica.
