Francesco Pizarro sposò Ines Huaylas Yupanqui e ebbe un figlio di nome Francesca Pizarro Yupanqui. La sua data di nascita è incerta ma si ritiene che sia stata tra il 1471 e il 1476. Francesco Pizarro morì nel 1548 .
Francesco Pizarro era un figlio illegittimo. Suo padre era un soldato spagnolo e sua madre un servo servile. Si alzò per diventare uno dei più grandi conquistadores spagnoli e fu Marchese de la Conquista. Il 9 aprile 1548 fu sconfitto quando combatté contro le forze spagnole guidate dal viceré Pedro de la Gasca. Fu catturato e messo a morte.