Secondo il sito web del team, la squadra di football di San Francisco 49ers prende il nome dalle persone che hanno partecipato alla Gold Rush in California. Queste persone sono diventate famose come 49ers, dal momento che la corsa all'oro si è verificata dal 1849 in poi . Il suggerimento per il nome è venuto dal fondatore della squadra, Tony Morabito. Il logo originale 49ers rifletteva il nome del team in quanto era l'immagine di un minatore che sparava due pistole.
Il team di San Frisco 49ers fu formato nel 1946. Prima di questo, Morabito si avvicinò alla National Football League nel 1942 con la possibilità di iniziare una squadra della West Coast, ma l'idea fu rapidamente respinta. Quando nel 1944 si formò un nuovo campionato, la All-American Football Conference, Morabito iniziò a creare un franchising di San Francisco.
Lawrence Shaw è stato selezionato per essere il primo allenatore della squadra. Un totale di 32 giocatori sono stati scelti per la prima stagione della squadra, tra cui Frankie Albert, Bruno Banducci e Joe Ventrano. I 49ers hanno vinto la loro prima partita contro i Chicago Rockets. Nonostante il successo iniziale, i 49ers hanno concluso la loro prima stagione con solo tre vittorie.
Morabito mantenne la proprietà della squadra fino alla sua morte nel 1957. Suo fratello minore, Victor, continuò la proprietà della famiglia della squadra, ma la squadra fu infine venduta a Edward DeBartolo Jr. nel 1977.
