Secondo l'American Society of Microbiology, gli antisettici agiscono modificando il pH dell'ambiente dei batteri, rendendo l'ambiente abitabile. Poiché i microrganismi si adattano ai loro ambienti, gli antisettici devono lavorare rapidamente per uccidere i batteri prima che abbia la possibilità di adattarsi.
Il corpo è in grado di combattere naturalmente la maggior parte dei tipi di batteri. In realtà, è l'esposizione ai batteri che aiuta il corpo a costruire una resistenza ad esso. Gli studi indicano che l'uso di antibiotici, antisettici e altri prodotti che uccidono i germi sui bambini sono un forte contributo allo sviluppo di allergie più tardi nella vita.
Secondo i Centers of Disease Control and Prevention, una delle maggiori preoccupazioni in campo medico è un gruppo di microrganismi che sviluppano una resistenza agli antisettici e agli antibiotici. A causa del rapido tasso di mutazione e dei tempi di proliferazione, vi è la preoccupazione che una piccolissima colonia di batteri resistente agli antisettici e agli antibiotici abbia il potenziale per diventare rapidamente una grande colonia. È probabile che i batteri come questo causino una nuova forma di agente patogeno che possiede una naturale resistenza alla medicina moderna. Funziona allo stesso modo in cui una persona prende solo metà dei suoi antibiotici, dando origine a ciò che gli scienziati e i medici chiamano super-batteri, che sono diventati resistenti agli antibiotici.