I protisti sono organismi unicellulari che diffondono la malattia, sia attraverso l'infezione diretta che tramite tossine escrete nelle forniture di cibo e acqua. Le infezioni protistiche causano malattie dell'apparato gastrointestinale e nervoso, nonché condizioni della pelle e dei polmoni .
Gli amebidi sono protisti che causano una serie di malattie umane. Sono responsabili della dissenteria amebica, che causa grave diarrea e per una forma mortale di encefalite. Le amebe possono anche formare lesioni agli occhi e alla pelle, portando a ulteriori infezioni o cecità.
I dinoflagellati sono protisti che causano la marea rossa, una forma di inquinamento delle acque. Esse riducono l'acqua oceanica dell'ossigeno, creando zone morte che non possono sostenere la vita animale. I dinoflagellati rilasciano anche una tossina che uccide i pesci. I pesci che sopravvivono accumulano la tossina nella loro carne, causando nausea, vomito e sintomi neurologici negli umani che li consumano. La tossicità del dinoflagellato negli esseri umani viene definita avvelenamento da ciguatera o molluschi.
I protisti causano anche la malattia del sonno africano e la malattia di Chagas, due malattie correlate che si verificano in diversi continenti. Questi protisti appartengono entrambi al genere Trypanosoma e si diffondono all'uomo attraverso punture di insetti. La malattia del sonno africano è endemica nella parte occidentale e centrale dell'Africa, mentre la malattia di Chagas si verifica nell'America centrale e meridionale.
