La principale differenza tra la fase I e la fase II è il processo di ricombinazione genetica che si verifica durante la fase I, ma non si ripete nella fase II. Durante la fase I, le coppie omogenee duplicate si allineano e si incrociano sopra, che è il processo mediante il quale i cromatidi si scambiano informazioni genetiche. Poiché questo processo si verifica durante la profase I, non è necessario ripetere durante la fase II.
La prima e la seconda fase sono le prime fasi del processo di meiosi in due fasi, che è la divisione cellulare responsabile della produzione delle cellule sessuali o dei gameti che creano variazioni genetiche. I gameti risultanti hanno ciascuno metà del materiale genetico della cellula madre originale. Secondo Prentice Hall, durante la fase I, due cromatidi non fratelli si allineano per formare una tetrada e scambiano informazioni genetiche. Poiché ogni cromatide non-sorella proviene da una cellula paterna e da una cellula materna, la variazione genetica viene creata quando ogni cellula attraversa o scambia informazioni con l'altra. A causa della durata di questo processo, la fase I consuma il 90 percento del tempo di un processo di meiosi in due parti; quindi, la prophase I è considerevolmente più lunga di quella della fase II.
Durante la profase II, che si verifica durante la seconda fase della meiosi nota come meiosi II, l'involucro nucleare si rompe e si forma l'apparato del fuso. Quindi, i cromosomi iniziano a migrare verso il basso nel centro della cellula. Questi processi si verificano anche durante la fase I.
