I federalisti si opposero alla guerra del 1812 perché la politica del partito avversario che dichiarò guerra, guidata da Thomas Jefferson e in seguito diretta da James Madison, portò la roccaforte federalista del New England sull'orlo della miseria. L'embargo di Thomas Jefferson sulle spedizioni americane, invece di proteggere le navi e i marinai statunitensi, causò una massiccia disoccupazione, la chiusura delle banche e creò un blocco virtuale nel commercio.
I repubblicani-democratici di James Madison dichiararono guerra all'Inghilterra non solo per alleviare il problema delle spedizioni, ma per dare agli Stati e ai territori occidentali l'opportunità di conquistare terre dal Canada. Anche dopo che la dichiarazione di guerra approvò il Congresso con uno stretto margine, gli stati federalisti continuarono a opporvisi, rifiutando di consentire alle milizie statali di partecipare allo sforzo bellico. Accusarono Madison di corruzione e di voler stringere un'alleanza con Napoleone Bonaparte. I repubblicani-democratici, d'altra parte, accusavano i federalisti di voler dividere la nazione e riallineare l'Inghilterra. Alcuni governatori della Nuova Inghilterra hanno apertamente condannato lo sforzo bellico.
Nel dicembre del 1814, delegati di alcuni stati del New England si riunirono alla Convenzione di Hartford per discutere delle soluzioni al dilemma delle divisioni. Tuttavia, quando i rappresentanti della convention arrivarono a Washington DC con una lista di emendamenti costituzionali proposti, un trattato di pace era stato firmato con la Gran Bretagna e la guerra era finita. Dopo questo, il Partito federalista declinò e alla fine scomparve.
