Il presidente Lincoln sospese il mandato di habeas corpus nel tentativo di proteggere la sicurezza pubblica e ridurre il potenziale di ribellione. C'erano molte persone nel Maryland che erano solidali con l'esercito confederato. Maryland era strategicamente importante perché tutte le linee di rifornimento e comunicazione via terra attraversavano Baltimora.
Il presidente Abraham Lincoln ha emesso il suo ordine al generale Winfield Scott il 27 aprile 1861 come mezzo per proteggere le linee ferroviarie vulnerabili. Le lealtà del Maryland verso il governo federale erano incerte e il presidente ordinò l'arresto di diversi membri della legislatura del Maryland che avevano simpatie confederate.
John Merryman, di Cockeysville, nel Maryland, fu arrestato per reclutare e addestrare soldati confederati. L'avvocato di John Merryman fece una petizione alla corte federale per un atto di habeas corpus, e l'atto fu concesso dal capo della giustizia Roger Brooke Taney. Il suo ordine di comparire davanti alla corte fu ignorato dagli ufficiali militari che detenevano John Merryman prigioniero. Il giudice capo Taney ha ritenuto incostituzionale la sospensione quando ha emesso la sua opinione, affermando che solo il Congresso aveva l'autorità di sospendere il mandato di habeas corpus. Il proclama del presidente Lincoln, il 24 settembre 1862, ampliò il suo precedente ordine di sospensione per includere ogni stato nel paese, e permise l'arresto di chiunque fosse critico nei confronti dello sforzo bellico dell'Unione, compresi gli editori di giornali. Oltre a proteggere aree strategicamente sensibili, la sospensione della legge ha anche permesso al governo di processare persone in un tribunale militare.
