Il comandante dell'esercito confederato era il generale Robert E. Lee. All'inizio, a Lee fu offerto il comando dell'esercito dell'Unione da parte del presidente Lincoln, ma rifiutò l'offerta perché non voleva combattere contro i suoi connazionali.
Il generale Robert E. Lee era un ufficiale militare a vita. Ha frequentato l'Accademia Militare degli Stati Uniti a West Point e si è laureato secondo nella sua classe. Dopo aver rifiutato l'offerta del presidente Lincoln di guidare l'Esercito dell'Unione, Lee si arruolò nell'esercito confederato appena formato quando Virginia si ritirò dagli Stati Uniti. Ha tentato di invadere il nord diverse volte, ma alla fine non ha avuto successo. Nel 1865, Lee si arrese al generale Ulysses S. Grant presso l'Appomattox Courthouse per porre fine alla guerra civile.
