Il più famoso capo dell'esercito confederato era Robert Edward Lee, che iniziò a comandare l'esercito confederato della Virginia del Nord il 1 ° giugno 1862. Diventò comandante in capo di tutte le forze confederate il 31 gennaio 1865, presto arrendendosi al generale dell'Unione Ulysses S. Grant il 29 marzo 1865.
Il generale Thomas Jonathan Jackson, noto come Stonewall Jackson, è stato responsabile della vittoria durante la prima battaglia di Bull Run, Antietam, Fredericksburg e Harpers Ferry. Morì durante la battaglia di Chancellorsville il 2 maggio 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston e Nathan Bedford Forrest, che in seguito fondò il Ku Klux Klan, furono anche i leader dell'esercito confederato.
