Nei polmoni, le cellule ciliate muovono il muco lungo il tratto respiratorio e impediscono agli agenti patogeni di causare infezioni. Le ciglia nel tratto riproduttivo femminile incoraggiano gli ovociti a muoversi attraverso le tube di Falloppio.
L'epitelio colonnare ciliato nelle vie respiratorie gioca un ruolo importante nella protezione del corpo contro le infezioni e aiuta a mobilizzare il muco. Sono presenti lungo il naso, bronchi e bronchioli e riposano al di sopra del muco producendo cellule caliciformi. Quando gli agenti patogeni si spostano nel tratto respiratorio, rimangono intrappolati nel muco. La scala mobile ciliare la sposta verso l'alto in modo che possa uscire dal naso e dalla gola. Quando qualcuno fuma, la scala mobile ciliare è paralizzata, rendendola più suscettibile alle malattie. Inoltre, queste cellule hanno un potenziale di differenziazione che permette loro di riparare le vie respiratorie quando subisce danni a causa di bronchite.
Le donne beneficiano anche della presenza di cellule ciliari nel loro tratto riproduttivo. Quando un uovo esce dalle ovaie, l'ovidotto usa le ciglia per generare una corrente che la attira nelle tube di Falloppio. Senza la forza delle ciglia, gli ovociti non si scontrano con lo sperma per formare uno zigote.
Le cellule ciliate tendono a presentare 200-300 ciglia, che espandono l'area della superficie e offrono vantaggi di motilità. Queste celle hanno una forma rettangolare.