La differenza tra protoplasma e citoplasma è che il primo comprende il citoplasma e il nucleo di una cellula, mentre il citoplasma è la sostanza semifluida che si trova sotto la membrana della cellula. Ciò significa che la differenza è minore , poiché entrambi i termini possono riferirsi approssimativamente agli stessi componenti di una cella con diversi livelli di precisione.
Il protoplasma è una parola che è stata gradualmente eliminata dalla biologia moderna a causa della sua origine in gran parte inaccurata. Al giorno d'oggi, si riferisce solo al citoplasma e al nucleo invece di implicare che le cellule fossero solo contenitori di protoplasma. La scienza moderna ha scoperto che le cellule sono molto più complesse.
Il citoplasma è la sostanza che contiene gli organelli di cellule che hanno un nucleo, che circonda gli organelli come i mitocondri, l'apparato di Golgi e il citoscheletro. Questi componenti sono tutti parte di una cellula nello stesso modo in cui i grandi organismi hanno organi, che svolgono funzioni vitali per la sopravvivenza della cellula. Ad esempio, i mitocondri producono energia sotto forma di adenosina trifosfato per la cellula da utilizzare, il citoscheletro mantiene la forma e la struttura della cellula e l'apparato di Golgi modifica, confeziona e ordina le proteine per il trasporto verso le loro destinazioni cellulari in seguito.