La differenza tra epistemologia e ontologia in parte è il soggetto che viene studiato da ciascuno. In ontologia vengono studiati lo studio dell'essere o l'esistenza e le domande su quali tipi di entità esistono. Nell'epistemologia vengono studiati lo studio del conoscere e il modo in cui arriviamo a conoscere e le domande su che cos'è la conoscenza e su come la conoscenza è possibile.
Sia l'ontologia che l'epistemologia sono rami della filosofia. L'ontologia è un tipo di metafisica. L'epistemologia spesso implica un dibattito tra empirismo e razionalismo, in cui il primo afferma che la conoscenza può essere acquisita solo attraverso l'esperienza, mentre il secondo ritiene che la conoscenza possa essere acquisita solo attraverso la ragione.
L'ontologia si occupa di ciò che è vero e, d'altra parte, l'epistemologia coinvolge i diversi metodi per capire quella verità. In altre parole, l'ontologia riguarda la natura della realtà e l'epistemologia riguarda la relazione tra il ricercatore o l'altra persona e quella realtà.
Molti problemi hanno ontologie multiple, spesso contrastanti, o teorie su ciò che è vero, oltre a varie epistemologie o modi di capire le cose. Ad esempio, scienza e religione hanno ontologie ed epistemologie opposte sull'esistenza di Dio e le origini dell'universo.
