La differenza principale tra un ninja e un samurai è che un ninja è abile nel ninjutsu e un samurai pratica il bushido. Il Ninjutsu è l'arte della furtività e del sabotaggio sviluppata per lo spionaggio. Bushido è un codice d'onore e morale.
Il folklore giapponese suggerisce che i ninja discendessero da un demone. Gli studiosi ritengono che il ninjutsu si sia sviluppato intorno al sesto secolo in opposizione ai primi samurai feudali. Il Ninjutsu era una miscela di tattiche indo-cinesi e giapponesi sviluppata da un samurai denunciato e da un monaco cinese. Ninjutsu ha ignorato il codice bushido e ha valutato l'azione segreta.
I primi guerrieri samurai sostenevano i ricchi proprietari del Giappone feudale. Entro il 12 ° secolo, i samurai stavano guadagnando il controllo militare e politico. Dopo la guerra di Gempei nel 1185, i samurai stabilirono lo shogunato di Kamakura come dittatura militare. La dittatura è durata nel XIX secolo.
I ninja potevano venire dalla classe superiore come samurai caduti in disgrazia o dalla classe inferiore come figli di contadini o paesani. I ninja si classificano da ninja ordinario, o genin, a intermediaria o chunin, a uomo alto, o jonin.
Il declino dei samurai avvenne in seguito all'introduzione della cultura occidentale in Giappone nella metà del XIX secolo. Il legislatore giapponese abolì il feudalesimo nel 1871, ma il codice del bushido fu evidente nella cultura giapponese fino alla seconda guerra mondiale.