Una scala allelica aiuta il personale forense a confrontare il DNA tra campioni probatori e di riferimento. Come una specie di righello, queste scale misurano le lunghezze dei frammenti. Lo scopo generale è quello di escludere o confermare una corrispondenza da un campione di prove.
I ricercatori esaminano i dati di diverse centinaia di persone prima di costruire scale alleliche, che mostrano davvero gli alleli più comuni in ogni punto. Gli alleli all'interno di luoghi specifici variano significativamente da una persona all'altra. Durante il test, i microvarianti si presentano frequentemente, rappresentando una ripetizione incompleta per un allele.
Quando gli scienziati forensi analizzano i campioni, una designazione di 14 alleli indica che ci sono 14 corrispondenze sul frammento. Una designazione di 12.2 significa che ci sono 12 ripetizioni e due basi aggiuntive. Un allele rappresenta i tratti di una copia di un determinato gene o una copia di una posizione impostata su un cromosoma.
Nei casi in cui gli alleli non forniscono una corrispondenza, potrebbero essere nuovi alla caratterizzazione. Se ciò accade, rieseguire il campione prima di eseguire una nuova caratterizzazione è preferibile a causa della prevalenza di falsi positivi. Il numero di campioni eseguiti per stabilire l'attuale serie di scale è sufficientemente alto da giustificare la confidenza dei risultati almeno fino a quando il tecnico non può eseguire un altro set.