La ragione principale per cui scienziati e studenti macchiano le cellule di cipolla è per rendere più facile distinguere le varie strutture e organelli. In pratica, la maggior parte delle cellule viene trattata con macchie o coloranti per dare loro un contrasto più elevato migliorare la capacità del ricercatore di visualizzare le caratteristiche principali. Diverse macchie e coloranti sono di uso comune, tra cui eosina, iodio e safranina.
Le cipolle e le loro cellule costituenti sono essenzialmente incolori. Se vengono visualizzati al microscopio senza coloranti o macchie, è difficile visualizzare le parti delle celle. Tuttavia, quando macchiati, molte diverse strutture della cellula diventano visibili. Diversi tipi di macchie vengono utilizzati per aiutare a definire diverse parti della cella. Ad esempio, l'inchiostro con penna a sfera è adatto per la colorazione del nucleo delle cellule di cipolla. Il tetrossido di osmio è una macchia nera utilizzata per aumentare il contrasto dei lipidi. Il cristallo viola è una macchia usata in congiunzione con una sostanza chimica chiamata mordente per macchiare le pareti cellulari delle cellule vegetali.
Molte macchie e coloranti sono dannosi, quindi devono essere usati solo su cellule non viventi. Un'eccezione a questo è il rosso toluilene, che può essere utilizzato su cellule viventi. Il marrone di Bismark è un'altra macchia che può essere utilizzata sulle cellule viventi.
