L'autonomia del paziente è il diritto fondamentale di ogni individuo e un esempio di un dilemma di etica medica. Autonomia significa "autogoverno" e implica il diritto di un individuo a fare delle scelte che potrebbero andare contro un consiglio di un medico per quanto riguarda il trattamento, o il non trattamento, di un problema di salute esistente.
Un esempio è il caso di una donna con diagnosi di aneurisma dell'aorta addominale, un rigonfiamento nel muro dell'aorta, che probabilmente causerà la sua morte se dovesse scoppiare. I medici consigliano una procedura chirurgica immediata che richiederà una piccola incisione. Tuttavia, la donna è una ballerina esotica e teme che una cicatrice avrà un impatto negativo sul suo modo di guadagnarsi da vivere. Quando si rifiuta di dare il suo consenso per l'intervento chirurgico, quelli in autorità insistono sul fatto che il rischio di pericolo di vita non è negoziabile. Dichiarando che la donna non è sana di mente, i chirurghi ordinano che sia anestetizzata. Procedono con l'operazione e riparano con successo l'aneurisma. Di conseguenza, il paziente presenta una causa contro l'ospedale per milioni di dollari. I problemi di autonomia del paziente sono spesso scoraggianti guanti etici per gli amministratori della sanità, che devono ponderare i fattori economici e le risorse finanziarie in via di esaurimento quando prendono decisioni in merito all'assistenza ai pazienti.