Le colonie del sud avevano molte religioni diverse, ma erano principalmente anglicani o battisti. Le colonie di mezzo avevano anche molte religioni diverse, tra cui cattolici, ebrei e quaccheri.
Le leggi originali delle colonie costrinsero le persone a frequentare un tipo di chiesa e anche a pagare le tasse che contribuivano a pagare le chiese. Fu in seguito che i coloni decisero di diventare più tolleranti dal punto di vista religioso e separare la chiesa dallo stato. È interessante notare che, per tutta la sua importanza, la separazione tra chiesa e stato non è esplicitamente inserita in nessuna delle leggi fondative, inclusa la Costituzione degli Stati Uniti. L'idea della "separazione tra chiesa e stato" apparve per la prima volta quando i battisti in Virginia volevano avere tolleranza religiosa dagli anglicani che vivevano nell'area.
