Il puritanesimo era la religione principale del New Hampshire coloniale. La chiesa puritana alla fine cedette il posto alla Chiesa congregazionalista, che è una combinazione di credenze puritane con denominazioni protestante, quacchera e battista.
Al di fuori del coloniale Rhode Island, il puritanesimo era la religione dominante per tutti i coloni della Nuova Inghilterra. I puritani conducevano rigide vite religiose e i dissidenti venivano trattati duramente. Nel 1689, il Parlamento inglese approvò The Tolerant Act, che fermò le punizioni corporali per i dissidenti, come ritagliare le orecchie dei Quaccheri o battere pubblicamente battisti. Questo atto ha liberato altre religioni per stabilire chiese nelle colonie puritane senza punizione. Puritanesimo e Congregazionalismo rimasero la religione predominante fino a quando il Grande Risveglio non accese il movimento protestante nella metà del XVIII secolo.