Gli organelli che contengono enzimi digestivi sono chiamati lisosomi. Queste strutture cellulari funzionano principalmente per la scomposizione di sostanze molecolari complesse, come carboidrati, lipidi, proteine e acidi nucleici.
Le cellule degli organismi eucarioti sono suddivise in compartimenti in unità funzionali chiamate organelli, che svolgono compiti altamente specializzati nella cellula. La maggior parte degli organelli è legata alla membrana o circondata da una membrana plasmatica. Sebbene simile per forma e organizzazione alla membrana plasmatica di una cellula, la composizione della membrana di un organello ha una diversa costituzione di proteine e fosfolipidi. Alcuni organelli, come l'apparato di Golgi e il nucleo, esistono come unità individuali, mentre altri, inclusi i cloroplasti, i mitocondri e i lisosomi, sono presenti in grandi quantità.
I lisosomi sono strutture microscopiche, simili a sacche, sospese nel citosol della membrana plasmatica della cellula. Gli enzimi digestivi contenuti in questi organelli sono chiamati idrolasi acide. A parte la scomposizione delle particelle di cibo, gli enzimi digeriscono anche le membrane danneggiate, aiutando a riciclare le parti più povere della cellula. Un'altra importante funzione dei lisosomi è la prevenzione dei microrganismi dall'invasione della cellula. I batteri nocivi e i virus sono generalmente mirati e digeriti dai lisosomi trovati nei globuli bianchi. A causa delle loro proprietà digestive, le idrolasi acide sono isolate dal resto della cellula dalla membrana che avvolge i lisosomi. Altrimenti, gli enzimi digeriranno tutti i componenti cellulari.