I sacerdoti francescani fondarono la Missione San Juan Capistrano per espandere l'influenza spagnola nell'area e convertire le popolazioni indigene al cristianesimo. Quando il Messico divenne indipendente, il governatore locale vendette la missione a una famiglia privata, ma dopo che la California divenne uno stato, il presidente Abraham Lincoln restituì la missione alla Chiesa cattolica.
Padre Fermin Lasuen tentò per la prima volta di fondare la missione nel 1775, ma dopo aver sentito di una rivolta indiana a San Diego, i sacerdoti seppellirono le campane della missione e abbandonarono il sito. Padre Junipero Serra recuperò le campane e fondò ufficialmente la missione il 1 ° novembre 1776. Quando gli indiani locali, il Juaneno, aiutarono a costruire la chiesa e altri edifici, i sacerdoti fecero proselitismo attivo verso di loro. Gli indiani che si battezzarono furono obbligati a cambiare nome e costumi sociali, ad imparare la lingua spagnola e la dottrina cattolica, e seguire le rigide regole imposte dai sacerdoti, incluso non lasciare la missione senza permesso. Nel 1806, la missione era fiorente e contava oltre 1.000 abitanti. Dopo quel periodo di tempo, la missione cominciò a declinare.
Nel 1812 un terremoto distrusse la chiesa di pietra della missione. Nel 1845, il governatore messicano vendette la missione a suo cognato, John Forster, e fu usato come ranch. La California divenne uno stato nel 1850 e nel 1865 Lincoln firmò un documento che cedeva la proprietà alla Chiesa cattolica. Nel corso del 20 ° secolo ha subito un ampio restauro. Un museo e una chiesa sono sul sito dal 2015 e molti visitatori vengono a vedere la migrazione annuale delle rondini di Capistrano.
