Esempi di batteri anaerobici facoltativi includono la salmonella e l'E. coli. I batteri anaerobici facoltativi sono membri delle famiglie tassonomiche Enterobacteriaceae, Vibrionaceae e Pasteurellaceae. Molte delle specie in queste famiglie sono patogeni nell'uomo, in altri animali o piante.
I batteri anaerobici facoltativi sono in grado sia di respirazione aerobica sia di fermentazione o di respirazione anaerobica. Molti organismi oltre ai batteri sono anaerobi facoltativi e comprendono alcuni funghi e vermi policheti. I batteri anaerobici faculativi sono ubiquitari e comuni nel suolo, nell'acqua e negli organismi. Non tutte le specie causano malattie ma fanno parte della normale flora intestinale degli animali. Alcune specie, come E. coli, sono spesso innocue.
Enterobacteriaceae è la famiglia che contiene i comuni batteri di origine alimentare salmonella ed E. coli, insieme a molti altri gruppi di pericolosi agenti patogeni. Le specie Vibrionacee includono il Vibrio cholera, una malattia mortale diffusa attraverso liquami e cibo contaminato. Questa specie provoca il rilascio di grandi quantità di acqua nell'intestino, provocando una rapida disidratazione. Vibrionaceae include anche il fotobatterio, un gruppo che produce luce e può essere trovato negli organi di produzione di luce di alcuni pesci di acque profonde. Pasteurellaceae comprende le specie di pastuerella, che sono patogeni comuni degli animali domestici, così come l'haemophilus, che sono comuni nel tratto respiratorio superiore e richiedono una componente di emoglobina per sopravvivere.
