Gli svantaggi del modello orientato agli oggetti includono non familiarità e carenza di programmatori esperti, consenso limitato sugli standard da utilizzare, bassa efficienza quando si tratta di dati semplici e disponibilità limitata di strumenti e supporto adeguati. La maggior parte degli svantaggi del modello orientato agli oggetti scaturisce dalla sua novità rispetto al mercato.
Il modello orientato agli oggetti è una pratica recente, a partire dal 2015, rispetto al modello di database relazionale più comune. Questo ha dato pochissimo tempo per maturare, portando al numero limitato di programmatori esperti e supporto. Il modello orientato agli oggetti si focalizza sull'archiviazione di strutture di dati complesse denominate oggetti. Ciò lo rende meno efficiente se utilizzato su semplici record di dati con relazioni semplici.
Un altro svantaggio di questo modello è che è difficile da implementare puramente. Questo è vero perché i modelli orientati agli oggetti utilizzano tipi di dati complessi a differenza dei modelli relazionali, che coinvolgono strutture semplici come tabelle e indici correlati. I database relazionali sono un prodotto della teoria degli insiemi matematici, ma i modelli orientati agli oggetti non hanno una solida base matematica.
A partire dal 2015, i programmatori si stanno orientando verso modelli relazionali oggettuali, che sono ibridi tra i due. Questi ORM stanno aumentando di popolarità dal 2015 poiché sono supportati da motori di database testati e testati e offrono anche opportunità per mappare oggetti.
