Uno dei più grandi svantaggi dell'energia idroelettrica è il principale disturbo che provoca il danneggiamento di un fiume alle persone, agli animali e all'habitat circostanti. Un altro problema è che le dighe e le centrali idroelettriche richiedono molti anni per essere costruite e sono incredibilmente costose, sebbene abbiano una volta completato solo i costi minimi. L'acqua deve essere abbondante nell'area e gli standard di manutenzione devono essere rigorosi.
La capacità di una centrale idroelettrica di creare elettricità dipende interamente dal flusso dell'acqua, quindi richiede una posizione con precipitazioni regolari. Se una pioggia sufficiente non cade ogni anno per riempire continuamente il serbatoio creato dalla diga, la centrale idroelettrica non può generare continuamente elettricità.
Quando una zona viene allagata dopo la costruzione di una diga, gli alberi e le altre piante in quell'area muoiono rapidamente e iniziano a decomporsi. Quando ciò accade, il metano e il biossido di carbonio vengono rilasciati nel serbatoio e infine nell'atmosfera. La diga causa anche un altro problema quando l'acqua raccoglie l'azoto che scorre attraverso di esso, che può essere tossico per i pesci e provocare la morte delle popolazioni marine.
Anche le dighe rappresentano un grave rischio se si rompono o vengono distrutte, il che manderebbe un massiccio muro d'acqua e distruggerà tutto a valle.
