L'elettroforesi su gel è un processo di separazione di bio-molecole di diverse dimensioni facendole passare attraverso una matrice sievelica usando l'elettricità. Le molecole più grandi si muovono più lentamente, mentre le molecole più piccole scivolano attraverso la matrice e si muovono più velocemente e più lontano, separando così i diversi frammenti in base alle dimensioni.
Il primo passo per elettroforesi su gel è quello di impostare la matrice di gel. L'agarosio viene utilizzato per separare le molecole di DNA e l'acrilammide viene utilizzato per separare le proteine. Il gel inizia come un liquido, che viene versato in un vassoio di stampaggio. Un pettine viene posto nella matrice liquida in modo che quando la matrice si solidifica, vengono formati dei pozzetti per caricare i campioni al loro interno. Una volta che il gel si è solidificato, viene rimosso dallo stampo e inserito in un apparecchio speciale in cui può essere applicata corrente. Un buffer che può fungere da conduttore di elettricità viene versato intorno alla matrice.
I campioni di bio-molecole sono solitamente miscelati con una sostanza ad alta densità (un colorante viscoso) in modo che si depositino sul fondo del pozzetto invece di fluttuare nel buffer. Il colorante aiuta anche a tenere traccia dell'avanzamento dell'esperimento. Ogni campione viene caricato in un pozzetto separato. Uno dei pozzetti viene solitamente assegnato per caricare un marcatore, che ha una serie di frammenti di dimensioni già conosciute per consentire il confronto con i campioni da caricare.
Quando la corrente è attivata, i campioni tendono a spostarsi verso il lato con carica positiva dell'apparato poiché i dorsali di fosfato delle molecole conferiscono loro una carica negativa. Dopo che i campioni hanno percorso una distanza sufficiente, la matrice viene studiata per visualizzare le bande formate dalla separazione delle molecole.
