Una delle principali differenze tra protisti e batteri è che i protisti sono organismi eucarioti, mentre i batteri sono procarioti. Un'altra differenza è che i protisti appartengono al regno Protista, mentre i batteri sono membri del regno di Monera. I batteri sono organismi unicellulari che non contengono organelli come un nucleo o cloroplasti.
I protisti sono anche organismi unicellulari, ma hanno un nucleo e altri organelli intracellulari. Esempi di protisti sono l'ameba e il paramecio.
Alcune somiglianze tra questi due organismi sono che entrambi possono essere organismi unicellulari, che possono rimanere in una posizione o muoversi attraverso strutture come flagelli. Un'altra somiglianza è che i membri di ciascun regno possono essere autotrofi o eterotrofi. Gli autotrofi possono fare il loro cibo, mentre gli eterotrofi non possono farlo.
