Le proteine che si spostano dal reticolo endoplasmatico all'apparato di Golgi viaggiano all'interno di veicoli di trasporto rivestiti di COPII. Secondo la quarta edizione di Molecular Biology of the Cell sul sito NCBI, le vescicole di trasporto vengono pizzicati da una regione del reticolo endoplasmatico nota come siti di uscita ER. Questi siti di uscita non hanno ribosomi legati alla membrana che altrimenti ritarderebbero il processo.
Le proteine del carico selezionate gravitano verso le vescicole di trasporto, dove alla fine si concentrano. Gli scienziati ritengono che queste proteine di carico abbiano un segnale di uscita che allerta le proteine del recettore complementare alla presenza del mantello di COPII nella vescicola in erba. Questo aiuta le proteine complementari a muoversi nella vescicola. Tuttavia, alcune proteine senza segnali di uscita, che di solito rimangono nel pronto soccorso, sono anche confezionate in vescicole in erba per spostarsi nell'apparato di Golgi. Circa 200 proteine di membrana, spesso di vario tipo, sono contenute nella media delle vescicole di trasporto da 50 nanometri.
Tuttavia, non tutte le proteine richiedono una vescicola. Quando le proteine secretorie sono prodotte in concentrazioni molto elevate, alcune di esse fuoriescono dal pronto soccorso senza l'aiuto di separare i recettori. Altre proteine, d'altra parte, non sono autorizzate a partire. Ad esempio, quando le proteine sono dispiegate o misfoldate, vengono conservate all'interno del RE in una proteina chaperone.
