Un elemento è una descrizione di un tipo di atomo, quindi un singolo atomo è rappresentativo di un elemento ma non di un elemento stesso. "Un atomo" si riferisce a un'entità fisica; "un elemento" si riferisce a un tipo di atomo.
Gli atomi sono definiti dal numero di protoni che contengono nei loro nuclei. L'elemento dell'idrogeno si riferisce agli atomi che contengono un singolo protone, mentre gli atomi di elio ne contengono due. Un isotopo è definito dal numero di neutroni presenti nel nucleo e le molecole sono descritte da quali atomi contengono. L'acqua, per esempio, contiene un atomo di ossigeno e due atomi di idrogeno, quindi il suo nome scientifico è diidrogeno monossido.
