L'idrogeno non ha neutroni, solo un singolo protone e un singolo elettrone. La maggior parte della massa di un atomo si trova nei suoi protoni e neutroni; l'idrogeno ha una massa di 1 a causa della massa del suo singolo protone.
L'idrogeno ha tre isotopi comuni: protium, deuterio e trizio. Gli isotopi hanno lo stesso numero atomico, nel senso che sono lo stesso elemento perché hanno lo stesso numero di protoni ed elettroni; tuttavia, le loro masse differiscono perché hanno un numero variabile di neutroni. Il protio non ha neutroni, il deuterio ha un neutrone e il trizio ha due neutroni. Il più comune degli isotopi è il protium, che costituisce il 99,9 percento dell'idrogeno in natura. L'acqua pesante, che è più densa e più pesante dell'acqua normale, è costituita da idrogeno sotto forma di deuterio. Il trizio è radioattivo e si forma nell'atmosfera.
