A partire dal 2014, non esiste una risposta definitiva su quanto tempo l'HPV può rimanere dormiente nel corpo, secondo il Dipartimento della Salute del governo australiano. Il virus può essere dormiente per anni prima dell'attivazione.
Una volta attivato, l'organismo in genere elimina l'infezione in uno o due anni, secondo il Dipartimento della Sanità del governo australiano. In alcune donne, l'HPV può rimanere nelle cellule della cervice e aumentare il rischio di cancro cervicale. Alcuni ceppi del virus HPV sono responsabili della formazione di condilomi genitali, mentre la maggior parte degli altri ceppi non causa alcun sintomo nella maggior parte delle persone.