FAD è ridotto a FADH2 nei mitocondri durante il ciclo di Krebs, che è anche noto come ciclo dell'acido citrico o ciclo TCA. FADH2 è una forma ridotta di FAD (flavina adenina dinucleotide).
Il ciclo di Krebs è una parte vitale del processo di respirazione cellulare aerobica. La respirazione cellulare comporta l'ossidazione degli alimenti in anidride carbonica e acqua in un processo a più stadi. L'energia potenziale che viene rilasciata in ogni fase della respirazione viene memorizzata sotto forma di legami chimici in FADH2, NADH2 e infine ATP (adenosina trifosfato). Il ciclo di Krebs consiste in una serie di otto reazioni che determinano la formazione di FADH2 e NADH, che fungono entrambi da combustibile per il passaggio finale della respirazione, il trasporto degli elettroni. Una volta completato il processo di respirazione, l'ossigeno è necessario per ossidare NADH e FADH2 di nuovo in NAD e FAD in modo che possano essere riutilizzati nei futuri cicli di Krebs. L'energia rilasciata dall'ossidazione di NADH e FADH2 è utilizzata per la formazione di ATP, la fonte di energia per le cellule.