Gli scoiattoli si proteggono correndo, nascondendosi e combattendo. Combattere, come graffiare e mordere, è solitamente un ultimo sforzo per gli scoiattoli. Correre e persino mimetizzarsi sono i loro primi istinti di fronte a possibili pericoli.
Secondo Welcome Wildlife, gli scoiattoli corrono e nuotano persino quando sfuggono agli inseguitori. Altre volte rimangono perfettamente immobili e si mimetizzano contro la corteccia degli alberi. Gli scoiattoli amano anche tenere oggetti come tronchi d'albero tra loro e il pericolo. Poiché gli alberi sono così importanti per le loro difese naturali, gli scoiattoli cacciano e costruiscono nidi in essi.
Alcune specie di scoiattoli sono più aggressive di altre. Per esempio, gli scoiattoli rossi del Minnesota hanno più probabilità di combattere gli attaccanti, se necessario. Questo comportamento aggressivo si estende anche ad altri scoiattoli della stessa specie. Sono ferocemente territoriali e ogni scoiattolo ha il suo acro o due di spazio.
Lo scoiattolo di terra californiano, d'altra parte, ha sviluppato tecniche protettive specifiche attraverso l'evoluzione e l'adattamento. Questa specie è immune al veleno del serpente a sonagli del Nord Pacifico, al suo vicino e predatore naturale. Questa specie segnala anche con la sua coda, chiamata "bandiera di coda", per avvisare il serpente e far sapere al serpente che sa che il serpente è lì.
