La pioggia acida minaccia e danneggia l'ecosistema. Può arrestare la crescita degli alberi, modificare l'acidità dell'acqua e causare la fuoriuscita di sostanze tossiche dal suolo, danneggiando molti animali acquatici e viventi. Inoltre indebolisce i materiali e accelera l'erosione naturale delle strutture in calcestruzzo.
Gli effetti delle piogge acide sono più palpabili in ambienti acquatici, come paludi, fiumi, laghi e corsi d'acqua. La maggior parte delle acque superficiali ha un pH compreso tra 6 e 8; quando la pioggia acida cade direttamente sull'acqua o scappa dalla terra e raggiunge i corsi d'acqua, l'acidità dell'acqua aumenta. Un corpo idrico con un basso livello di pH non può sostenere una nuova vita. Le paludi, con i loro fragili ecosistemi, possono soffrire maggiormente della perdita di una specie di pesce, poiché gli animali in questi ecosistemi dipendono l'uno dall'altro per prosperare.
La pioggia acida impedisce anche alle piante e agli alberi di crescere in modo sano. Quando le piogge acide cadono sulle foglie, si logora dal rivestimento protettivo delle foglie e impedisce loro di fotosintetizzare correttamente. Quando la pioggia acida cade a terra, attiva sostanze nocive, come l'alluminio, nel terreno e si fa strada nei torrenti e nei laghi. La pioggia acida scioglie anche i nutrienti e i minerali nel terreno che aiutano a promuovere la crescita di piante e alberi.
