I microbioti transitori sono microrganismi che normalmente non vivono e si riproducono nel o sul corpo umano. Sebbene questi tipi di organismi possano colonizzare un ospite e riprodursi brevemente, le difese del corpo umano non consentono per diventare permanenti.
I microbioti transitori che sono stati raccolti possono essere facilmente lavati dalla pelle. Al contrario, il normale microbiota non può essere pulito dalla pelle durante il normale lavaggio delle mani. Il più grande pericolo rappresentato dal microbiota transitorio è la loro capacità di entrare nel corpo umano e causare malattie. Normalmente, i microrganismi entrano nel corpo umano attraverso le porte naturali di entrata o di rottura della pelle.