La funzione primaria dell'intestino tenue è la digestione e l'assorbimento dei nutrienti. Circa il 90% della digestione e dell'assorbimento del cibo avviene nell'intestino tenue, mentre il resto avviene nell'intestino crasso.
L'intestino tenue è costituito da diverse parti chiamate duodeno, digiuno e ileo. Il duodeno è la prima parte; qui, il cibo viene spruzzato dallo stomaco nell'intestino tenue. Il pancreas secerne i succhi digestivi nel duodeno, che distrugge la maggior parte dei materiali nell'intestino tenue. La cistifellea rilascia bile nel duodeno ed è fondamentale per abbattere i grassi.
Il cibo viene trasferito nell'intestino attraverso la peristalsi, che consiste in contrazioni ritmiche che causano la compressione del cibo nel tratto digestivo. Piccole fibre microscopiche rivestono le pareti dell'intestino tenue, chiamate microvilli. Queste protrusioni aumentano la superficie dell'intestino tenue. Ogni microvillus contiene un capillare, promuovendo in tal modo l'assorbimento dei nutrienti nel sangue.
L'intestino tenue è anche importante nel funzionamento del sistema immunitario. La flora probiotica che cresce all'interno dell'intestino tenue contribuisce al sistema immunitario dell'ospite. Nell'uomo l'intestino tenue è lungo circa 19 piedi. Il materiale che non può essere digerito dall'intestino tenue passa all'intestino crasso.