L'assorbimento delle proteine, o più precisamente degli amminoacidi, si verifica nell'intestino tenue. Le proteine sono spesso enormi molecole che devono essere scomposte in amminoacidi e peptidi che sono abbastanza piccoli da assorbire l'intestino tenue. Dopo questo, gli amminoacidi vengono inviati nel flusso sanguigno.
La digestione delle proteine inizia nello stomaco, dove il potente acido cloridrico inizia la scomposizione delle molecole proteiche. Insieme con l'acido dello stomaco, la proteina viene parzialmente decomposta da un enzima chiamato pepsina. La pepsina è degna di nota perché l'acido nello stomaco non lo danneggia. Funziona meglio in un ambiente altamente acido.
Dopo che la proteina è parzialmente degradata nello stomaco, continua nell'intestino tenue, dove viene ulteriormente scomposta dagli enzimi e dai succhi secreti dal pancreas. Questi enzimi rompono le proteine in amminoacidi e peptidi che contengono due o tre aminoacidi. È importante che il corpo sia in grado di assorbire gli aminoacidi, poiché ce ne sono nove di cui il corpo ha bisogno ma non sintetizza.
Le proteasi che sono secrete dalle cellule che rivestono l'intestino contribuiscono ulteriormente alla disgregazione delle proteine. Questi amminoacidi e peptidi vengono quindi inviati dall'intestino nel flusso sanguigno.