Su un cromosoma, i geni sono disposti in modo lineare lungo il cromosoma, ma i cromosomi si allineano solo in coppie omologhe durante la divisione cellulare. Durante la mitosi (tipica divisione cellulare), i cromosomi si allineano attraverso il azione di centri organizzativi chiamati centrioles.
Un cromosoma è tecnicamente un filamento lineare di DNA. Tuttavia, questo DNA è strettamente avvolto in strutture chiamate nucleosomi da speciali complessi proteici chiamati istoni e ulteriormente condensati durante la divisione cellulare. Di conseguenza, il DNA è arrotolato e piegato molte volte e la posizione di un gene lungo il cromosoma condensato potrebbe non riflettere la sua esatta posizione lungo il cromosoma quando non è stata riempita. L'impalcatura che forma la spina dorsale e gli istoni del cromosoma che il DNA avvolge è coerente tra i cromosomi, quindi i geni omologhi si allineano esattamente nei cromosomi accoppiati.
