L'effetto più comune dell'inquinamento dell'acqua sugli esseri umani è la malattia. L'acqua potabile contaminata da microrganismi portatori di malattie, noti anche come agenti patogeni, causano varie malattie trasmesse dall'acqua, come il tifo, la dissenteria, l'epatite e il colera.
Gli inquinanti chimici, i depositi di rifiuti industriali e i rifiuti tossici possono causare problemi di salute a lungo termine agli esseri umani, specialmente quando contaminano i pesci. Gli organismi acquatici, come i pesci, possono accidentalmente consumare sostanze tossiche, che è il modo in cui le tossine vengono trasferite nel corpo umano.
Le condizioni di salute che possono derivare dall'acqua potabile con sostanze chimiche o rifiuti tossici includono insufficienza d'organo, deformità fisiche e persino la morte.
La presenza di batteri di Escherichia coli, comunemente noti come E. coli, in una fonte d'acqua è un'indicazione della presenza di rifiuti umani o animali nell'acqua. Questo batterio è un tipo di batteri coliformi fecali trovati nell'intestino umano e animale. L'acqua potabile che contiene batteri di E. coli può causare diarrea, crampi addominali, mal di testa e nausea. I bambini piccoli e gli anziani possono essere più suscettibili agli effetti avversi di E. coli perché il loro sistema immunitario è delicato.
L'acqua inquinata è anche un terreno fertile per le zanzare. Le punture di zanzara possono influenzare la salute umana e causare malattie, come la malaria e la dengue.