Molte reazioni di digestione sono chiamate reazioni di hyrolysis perché coinvolgono la reazione di una molecola di carboidrati con una molecola di acqua, con conseguente rottura della molecola di carboidrati, proteine o grassi in due nuove molecole. L'idrolisi è un termine greco che si traduce in "separazione dell'acqua".
Le molecole biologiche tendono ad essere relativamente grandi, quindi prima che possano essere assorbite dall'intestino, devono essere suddivise in pezzi più piccoli. Il sistema digestivo lo fa con l'aiuto di enzimi, proteine speciali che provocano reazioni chimiche mirate che si verificano molto più rapidamente. Il motivo per cui molte persone non riescono a digerire il lattosio è perché non hanno l'enzima per farlo. I pezzi delle molecole che possono essere assorbiti sono diversi per ogni tipo di molecola.
I carboidrati, come gli amidi, sono costituiti da unità zuccherine più piccole come glucosio e fruttosio. Il legame che si rompe attraverso l'idrolisi è chiamato legame glicosidico. Le unità di proteine sono conosciute come amminoacidi e sono unite da legami peptidici. I grassi sono in realtà costituiti da due diversi tipi di unità e sono suddivisi in acidi grassi e glicerolo, un tipo di alcol. Una volta scomposti, queste molecole vengono trasportate nel flusso sanguigno verso le cellule dove vengono ulteriormente trasformate e utilizzate per l'energia.