Quando un individuo si riferisce al regno dei funghi, i funghi sono il nome scientifico corretto per tutti gli organismi classificati come funghi. I funghi del regno possono essere suddivisi ulteriormente in sottonome, phyla e subphyla.
Ad esempio, il phylum chytridiomycota contiene alcuni dei primi funghi evoluti. Un altro phylum, zygomycota, consiste di funghi terrestri che hanno solo setti in aree riproduttive. Il phylum ascomycota include lieviti e muffe.
Ogni specie di fungo ha un nome scientifico. L'amanita flavoconia, una specie di fungo, è una parte degli agaricales e del phylum basidiomycota, oltre ai funghi del regno.
