Le amebe appartengono al dominio eukarya, al protista del regno, ai protozoi dei phyllum, ai rizopodi di classe, all'ordine amoebida e agli amebidi di famiglia. Questa è la classificazione scientifica del genere ameba, che include molti specie di ameba.
La classificazione degli esseri viventi in biologia è chiamata tassonomia, nomenclatura o schema. Il proteo dell'ameba è un esempio rappresentativo della specie, i cui membri sono caratterizzati da una forma amorfa e un metodo di propulsione facilitato da una caratteristica chiamata pseudopode. Questa caratteristica dell'ameba è anche strumentale per l'alimentazione. Tutti i protisti, inclusa l'ameba, sono animali unicellulari contenenti un nucleo.
In particolare, le amebe fanno parte del phylum Amoebozoa, come descritto da Max Lühe nel 1913. Nel 2002-2003, sono stati collocati nel regno dei protozoi da Thomas Cavalier-Smith. Sono anche classificati sotto il dominio Eukaryota, come descritto nel 1998 da Cavalier-Smith. La specie o genere è stato descritto per la prima volta nel 1822 da Bory de Saint-Vincent e successivamente aggiunto alla famiglia Amoebidae. Ci sono quattro principali sottospecie di amebe identificate a partire dal 2014.
