La funzione principale dei polmoni di un topo è quella di sostenere la respirazione. La respirazione si realizza attraverso la respirazione in cui l'aria entra nel corpo attraverso il naso o la bocca, viaggia lungo la trachea e nei bronchi dei polmoni .
Gli alveoli, piccoli rami dei bronchi, sono specificamente progettati per lo scambio di gas a livello cellulare. L'ossigeno negli alveoli entra nel flusso sanguigno attraverso la diffusione e l'anidride carbonica entra nei polmoni. Questo biossido di carbonio viene espulso quando il ratto espira.
I polmoni sono circondati da costole e il diaframma muscolare. Il diaframma si contrae durante l'inspirazione, creando una pressione negativa e tirando aria nei polmoni. Quando il diaframma si rilassa, si verifica l'espirazione.