Il batterio del Bacillus subtilis è gram-positivo, mobile e simile a spore. Alcuni ceppi sono a forma di bastoncello, mentre altri sono cilindrici o ellissoidali. Sviluppano endospore e la maggior parte delle forme non produce materiale capsulare sostanziale in laboratorio. La crescita di strutture molto piccole (rughe e pieghe) è osservata mentre le pellicole del batterio maturano.
Il batterio vive principalmente in acqua, suolo, aria e resti vegetali in decomposizione. Le endospore che produce aiutano a sopportare il calore estremo e l'aridità nell'ambiente. Mentre produce una serie di enzimi che consentono di suddividersi in un numero di substrati naturali e di favorire il ciclo dei nutrienti, in molte condizioni è biologicamente inattivo ed esiste sotto forma di spore.
