Gli effetti duraturi della conquista spagnola in America Latina includevano la decimazione delle popolazioni native e la soppressione delle loro lingue, storie e culture. Coloro che sopravvissero furono fortemente influenzati dalla lingua, religione, arte e architettura spagnola.
Uno dei più grandi effetti duraturi dell'incursione spagnola in America Latina è stata la devastante perdita di popolazioni indigene. Alcuni dei principali colpevoli erano il vaiolo e altre malattie contro le quali i nativi non avevano difesa. Inoltre, il sistema di encomienda della schiavitù forzata della gente del posto ha ucciso molti più indigeni attraverso i lavori forzati e le privazioni.
I leader nativi esistenti furono uccisi o privati del potere, lasciando le società indigene senza le strutture sociali dalle quali dipendevano. I preti spagnoli hanno bandito la religione e la cultura locali e hanno bruciato storie scritte, lasciando un vuoto culturale. Di conseguenza, le società indigene la cui popolazione era di milioni prima della conquista spagnola furono marginalizzate o obliterate.
In assenza di alternative indigene, la lingua e la cultura spagnola sono diventate dominanti in America Latina. Lo spagnolo è diventato la lingua principale in molti paesi dell'America Latina. Quando fu introdotto per la prima volta, molti sudamericani nativi fondevano il cattolicesimo romano nelle loro pratiche religiose tradizionali. Col tempo la religione cattolica divenne l'influenza teologica predominante in America Latina. L'architettura spagnola ha costituito la base di molte strutture e l'urbanistica si basava sul layout di una piazza o di una piazza nel mezzo di un comune.