I nemici naturali dei pipistrelli includono gufi, falchi, falchi, serpenti e gatti domestici. Nell'America settentrionale orientale, la sindrome del naso bianco da infezione fungina sta causando un devastante tributo alla popolazione dei pipistrelli, dal 2014 .
I gufi non si nutrono esclusivamente di pipistrelli, ma sono tra i principali predatori dei pipistrelli a causa delle loro abitudini notturne. L'abilità di un gufo di volare silenziosamente permette di catturare facilmente i pipistrelli volanti. Due specie di rapaci, il pipistrello e il falco pipistrello, hanno una dieta che consiste in gran parte di pipistrelli. I falchi pipistrelli sono piccoli rapaci originari del Messico settentrionale e parti del Sud America. Spesso si appollaiano e aspettano potenziali prede e talvolta persino scuotono i rami per svegliare le prede. Il falco pipistrello è un rapace dell'Africa, della penisola malese e della Nuova Guinea. Frequenta i roost di pipistrelli e rondoni, dove consuma oltre 10 animali al minuto.
In alcune parti del mondo, serpenti e gatti domestici predano i pipistrelli. I serpenti si nascondono sugli alberi o all'ingresso della caverna per catturare i pipistrelli emergenti. I gatti domestici occasionalmente prendono pipistrelli dai posatoi durante il giorno e sono persino in grado di afferrare gli animali a mezz'aria.
A partire dal 2014, la sindrome del naso bianco è responsabile della perdita di quasi 6 milioni di pipistrelli nell'America settentrionale orientale dalla sua comparsa, a New York, nel 2006. La malattia interrompe il letargo del pipistrello, facendo sì che gli animali si sveglino troppo frequentemente e bruciare riserve critiche. Inoltre, le strutture di alimentazione del fungo penetrano nel tessuto e creano fori nelle ali dei pipistrelli.
