L'ecoturismo può portare i fondi necessari agli sforzi di conservazione in tutto il mondo, ma può anche mettere sotto pressione la fauna e le popolazioni locali, se non gestita correttamente. Più il visitatore ha un ecosistema fragile ogni anno, più è probabile che il traffico danneggi gli habitat e incida sull'ambiente locale. L'ecoturismo può anche portare investimenti e sviluppo esterni in una regione a costo di posti di lavoro e infrastrutture locali.
Uno dei principali svantaggi dell'ecoturismo è che spesso converte l'economia locale in un'economia turistica, soffocando le prospettive economiche naturali della zona a favore di ricchi stranieri. Questo può distruggere l'industria locale e l'agricoltura, poiché i lavoratori trovano salari migliori per servire gli ospiti e possono condurre a una spirale economica in discesa. Un afflusso di denaro esterno può compensare un po 'questo, ma rende l'economia locale completamente dipendente dai fondi esteri, che è una situazione economica precaria.
I dipartimenti del turismo devono trovare un equilibrio tra l'accesso alla fauna selvatica rara e la protezione delle piante e degli animali a rischio. Se i turisti non possono vedere habitat rari e i loro occupanti, non c'è motivo di visitare la zona, ma troppo traffico può avere un effetto negativo. Se mal regolate, le guide locali possono offrire ai visitatori la possibilità di bypassare le attività regolamentate, possibilmente danneggiando gli animali al centro dell'industria ecoturistica.
