Gli svantaggi della tecnologia del DNA ricombinante sono ampiamente raggruppati in preoccupazioni commerciali e ambientali. Problemi come la creazione di una monocultura e il controllo degli organismi modificati da parte degli interessi aziendali sono diffusi e complessi.
Esiste una grande preoccupazione riguardo alla proprietà di organismi geneticamente modificati da parte di entità aziendali. Queste entità in molti casi detengono brevetti per l'informazione genetica di detti organismi, sollevando domande sulla capacità di possedere e legiferare gli elementi costitutivi della vita. Tale controllo si basa sul settore aziendale e apre anche molte domande su etica, incentivi economici e altre pratiche.
Una monocultura è una popolazione di organismi costituita da, in effetti, copie o cloni. Questi organismi sono resi vulnerabili nello stesso identico modo, il che significa che una singola malattia o parassita potrebbe potenzialmente eliminarli del tutto. È considerato vitale creare e conservare raccolti di riserva di riserva che potrebbero servire, in tal caso, a rifornire i negozi e salvare la produzione.
Altre preoccupazioni relative all'uso del DNA ricombinante includono la paura persistente della contaminazione incrociata e la migrazione del DNA proprietario tra gli organismi. Le piante resilienti potrebbero, in teoria, portare a infestanti resilienti che potrebbero essere molto difficili da controllare. Gli organismi ricombinanti che contaminano gli ambienti naturali è un'altra preoccupazione.
