Il sistema encomienda era una struttura governativa feudale in cui i nativi del Sud e Centro America erano legati a un terreno guidato da un encomiendero. I nativi dovevano fornire lavoro e tributi, mentre l'encomiendero doveva proteggere loro ed educarli nelle sfaccettature del cristianesimo. In realtà, i nativi sono stati abusati e ridotti in schiavitù.
Quando i conquistadores presentarono la corona spagnola con una nuova terra conquistata, presentarono anche un dilemma: come governare un vasto territorio nuovo senza istituire un governo rivale. Il re spagnolo decise di creare vaste proprietà terriere che sarebbero state presentate ai conquistadores, ricompensandole creando anche una struttura di governo decentralizzata che rispondesse principalmente al re. Sfortunatamente, i conquistadores non erano proprietari terrieri favorevoli, ma soldati brutali che si preoccupavano poco degli abitanti indigeni.
Gli abusi sono sorti rapidamente. I nativi sono stati costretti a lavorare nei campi o nelle miniere di encomienderos, indipendentemente dalle precedenti abilità o posizioni sociali. Coloro che sono fuggiti sono stati cacciati, uccisi o torturati. Se i raccolti fallivano, i nativi dovevano produrre tributi o subire una punizione egregia, che poteva portare alla morte. Le condizioni minerarie erano orribili. I sorveglianti spagnoli non si preoccupavano di quanti nativi morivano ottenendo oro e mercurio, purché lo ottenessero. Persino i preti che erano dotati di encomiendas erano preda della corruzione, spesso vivendo con donne native e praticando lo stesso tipo di tortura dei conquistadores. Dopo diversi decenni, il re spagnolo ha approvato le nuove leggi, portando al sistema di repartimiento quasi altrettanto violento, che ha reso le ex encomiendas direttamente soggette alla corona.
