La fine della civiltà Inca e la sua definitiva autorità dominante arrivarono con la cattura spagnola della fortezza Inca ribelle a Vilcabamba e l'esecuzione dell'ultimo dei sovrani Inca, Tupac Amaru, nel 1572. La conquista dell'Impero Inca di gli spagnoli iniziarono 40 anni prima con l'esecuzione dell'imperatore sovrano Inca, Atahualpa, dal conquistador Francisco Pizarro nel 1532. Gli spagnoli stabilirono poi un governo Inca fantoccio per aiutarli a controllare il loro territorio appena acquisito, ma una ribellione iniziò nel 1536 e continuò fino al 1572 la cattura e il saccheggio di Vilcabamba da parte del viceré spagnolo del Perù, Francisco Toledo.
La conquista spagnola dell'impero Inca portò risultati catastrofici a lungo termine agli indigeni della regione. La popolazione indigena nelle aree che prima facevano parte dell'Impero Inca subì una diminuzione che, secondo le stime, sarebbe circa il 50%. Il dominio coloniale portò con sé lo sfruttamento, il lavoro forzato, la perdita culturale e le delocalizzazioni forzate.
La maggior parte delle morti indigene si è verificata dalle malattie infettive europee che i conquistatori e coloni spagnoli hanno portato inconsapevolmente con sé. Mancando di un'immunità acquisita alle malattie europee, come il morbillo e il vaiolo, le popolazioni indigene hanno sofferto più vittime a seguito delle nuove malattie introdotte che dai conflitti armati che seguirono l'arrivo dei conquistatori. Uno studio del 1981 suggeriva che entro il 1591 le ondate collettive di epidemie avrebbero potuto ridurre la popolazione indigena nella regione andina fino al 93% a partire dal momento del primo contatto con gli europei.
